R-loop CUT&Tag系列文章之五：上海嘉因实操R-loop CUT&Tag数据大解密

为了得到高质量的R-loop数据，嘉因生物基于公司已有的CUT&Tag体系，利用S9.6抗体，开发了针对R-loop的CUT&Tag流程，具体流程包括：磁珠结合细胞/细胞核、S9.6 抗体识别R-loop、IgG二抗孵育、PA-Tn5孵育、DNA回收与建库。R-loop CUT&Tag能够在动物细胞或者动物组织上得到R-loop文库，测序后的数据通过嘉因专业的分析流程，可在全基因组水平对R-loop定位。

嘉因生物R-loop CUT&Tag流程

老规矩，我们对实测数据进行公开。以293T细胞为操作对象，进行R-loop CUT&Tag实验，同时下载已发表的R-loop CUT&Tag数据，用相同的流程对嘉因研发数据和文献数据(来自文献Genomic profiling of native R loops with a DNA-RNA hybrid recognition sensor）进行分析，结果显示，嘉因数据和文献数据的peak数接近，分别为6959和6181个peak，并且二者具有相似的R-loop信号分布及信号强度，说明嘉因生物的R-loop数据真实可靠。

Peak数

基因附近信号分布

IGV可视化

如果您对R-loop感兴趣，欢迎联系我们。

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